辣椒生长期长，但根系不发达，根量少，入土浅，不耐旱也不耐涝，耐肥能力强。辣椒为吸肥量较多的蔬菜类型，每生产1000公斤约需氮5.19公斤、五氧化二磷1.07公斤、氧化钾6.46公斤。在各个不同生育期，所吸收的氮、磷、钾等营养物质的数量也有所不同，从出苗到现蕾、初花期、盛花期和成熟期吸肥量分别占总需肥量的5%、11%、34%和50%，从初花至盛花结果是辣椒营养生长和生殖生长旺盛时期，也是吸收养分和氮素最多的时期，盛花至成熟期，植株的营养生长较弱，这时对磷、钾的需要量最多；在成熟果采收后，为了及时促进枝叶生长发育，这时又需效大数量的氮素肥。
根据辣椒需肥规律和土壤肥力的高低，温室辣椒施肥诀窍在于重施基肥巧施追肥，具体施肥应把握以下原则：
重施有机肥。多施一些腐熟好的有机肥（如鸡粪）。老龄大棚，可增施一些酵素菌肥类生物有机肥。土传病害（特别是死棵病）严重的大棚，应增施一些芽孢杆菌类生物有机肥。
合理选用化肥。化肥作底肥用时尽量选用单质肥料，如尿素、过磷酸钙、硫酸钾。追施复合肥时尽量选用含硝态氮复合肥。在育苗、移栽、定植期施用真根，生根快、毛根多，可缩短辣椒缓苗时间增加幼苗对不良环境的抵抗能力。辣椒连续坐果能力，落花少，产量高，提升品质。

合理分配基肥、追肥的比例。一般情况下，有机肥、微肥、80%的磷肥、50%的钾肥和30%的氮肥混匀后做基肥，其余70%的氮肥、20%的磷肥和50%的钾肥分别做追肥使用。对于部分微量元素如硼砂可叶面喷施。